Die evangelisch-lutherische St.-Johannes-Kirche im schleswig-holsteinischen Seester ist eine Patronatskirche des Klosters Uetersen (heute evangelisches adliges Damenstift). St. Johannes wurde erst 1555 protestantisch, weil sich das Kloster Uetersen bis dahin weigerte, dem Befehl des dänischen Königs zur Reformation zu folgen.
Das Kirchengebäude liegt auf einer Warft, die von hohen Linden gesäumt ist. Auf dem alten Kirchhof rund um das Kirchengebäude findet man mehrere Grabstelen aus dem 19. Jahrhundert und noch ältere Grabsteine, deren ältester mit 1663 datiert ist. Der neue Friedhof schließt sich nordwestlich an die Warft an.
Die Kirche ist Mittelpunkt eines historischen Gebäudeensembles im Dorfkern der Gemeinde Seester, bestehend aus dem Pastorat, einer ehemaligen Gastwirtschaft, welche heute das Kirchenbüro und den kirchlichen Kindergarten beherbergt, einem Saalgebäude, einem Einfamilienhaus, welches früher die Küster der Kirche bewohnten, sowie der Kirche. Die Gebäudegruppe steht als Kulturdenkmal von besonderer Bedeutung unter Ensembleschutz. Eigentümer der St.-Johannes-Kirche, sowie des Pastorats, der ehemaligen Gaststätte und des Saalgebäudes ist die Evangelisch-lutherische Kirchengemeinde Seester.