Das Swiss Institute of Bioinformatics (SIB, französisch Institut suisse de bioinformatique, deutsch Schweizerisches Institut für Bioinformatik) ist ein Zusammenschluss von Bioinformatik-Forschungs- und Dienstleistungsgruppen der wichtigsten Schweizer Hochschulen und renommierter Schweizer Forschungsinstitute. Es ist eine gemeinnützige akademische Stiftung, die die Bioinformatik-Aktivitäten in der gesamten Schweiz bündelt. Das SIB wurde am 30. März 1998 eingerichtet. Seine Aufgabe ist es, der nationalen und internationalen Forschungsgemeinschaft zu den Biowissenschaften (Life-Science) benötigte Bioinformatik-Ressourcen in Bereichen wie Genomik, Proteomik und Systembiologie zur Verfügung zu stellen und den Bereich der Bioinformatik in der Schweiz zu leiten und zu koordinieren. Das SIB fördert insbesondere die Forschung, die Entwicklung von Datenbanken und Computertechnologien und ist an etlichen Lehr- und Dienstleistungstätigkeiten beteiligt.
Die Forschungsgruppen des SIB befinden sich in Lausanne (Hauptsitz), Genf, Zürich, Bern, Basel, Freiburg, Lugano, Bellinzona, Wädenswil und Yverdon-les-Bains.
Das SIB unterhält mehrere Bio-Datenbanken, darunter Swiss-Prot. Der Expasy-Server mit Spiegeln in mehreren Ländern auf der ganzen Welt ist der Proteinsequenzanalyse und der zweidimensionalen Proteinstruktur gewidmet.
Präsident des Instituts ist derzeit (August 2022) Felix Gutzwiller.
Der erste Direktor des Instituts war Victor Jongeneel, auf den zwischen 2001 und September 2007 Ernest Feytmans folgte. Ab Juli 2018 wurde das Institut von Christine Durinx und Ron Appel als Co-Direktoren (engl. Joint SIB Executive Directors) geleitet. Ab April 2022 wurde Christine Durinx durch Christophe Dessimoz als Co-Direktor ersetzt. Seit Oktober 2022 ist Christophe Dessimoz alleiniger Geschäftsführer, nachdem Ron Appel in den Ruhestand getreten ist.