Die Marienkapelle auf der Neustadt vor Hannover war eine im späten Mittelalter errichtete Kapelle auf dem Gebiet der späteren Calenberger Neustadt. Ihrem Bau ging 1371 die Zerstörung der Burg Lauenrode voran und damit auch die den Anwohnern auf dem umliegenden Brühl und einer Kalandbruderschaft dienende, dem Heiligen Gallus geweihte Vorgänger-Kapelle. Zehn Jahre nach dem Abriss stiftete der aus dem Lauenroder Burgmannengeschlecht von Alten stammende Cord von Alten, nachdem auch „die Kalandsbrüderschaft“ wieder aufgelebt war, den Grund und Boden für einen neuen, 1382 errichteten Sakralbau zu Ehren der Jungfrau Maria und dem Heiligen Gallus.
1388 vereinbarten die Vorsteher mit den Rittern von Alten, dass die Kalandsbrüder mit der Kirche vereinigt wurde, das Gebäude für Versammlungen der Brüder genutzt werden konnte und die Priester aus der Bruderschaft den Gottesdienst gegen eine Vergütung abzuhalten hatten. Das kirchliche Vermögen verwaltete demnach die Bruderschaft, während der lehnsrechtliche Grundbesitz und die der Kirche zustehenden Pfründe den von Altenschen Erben zustehen sollten. Diese Übereinkunft wurde von den Braunschweig-Lüneburgischen Herzögen Bernhard und Heinrich bestätigt mit der Klausel, im Falle des Aussterbens des Geschlechtes von Alten die Pfründe dann selbst verleihen zu können.
Am 12. Mai 1389 weihte Bischof Otto von Minden die neue Kapelle „beatissime Marie virginis“ zur Collegiat- und Pfarrkirche für die Bewohner der Neustadt mit Lauenrode und Brühl. Wenige Jahrzehnte später wurde 1415 zudem das Kollegiatsstift zu Mandelsloh mit dem Neustädter Marienstift vereinigt.
Nach der Reformation „blieb die Marienkirche“ zwar Pfarrkirche der Neustadt, doch durften die Kalandsbrüder dort keine eigenständigen Veranstaltungen mehr durchführen. In einem Vergleich wurde festgelegt, dass nach dem Absterben des letzten Kalands die Rechte der Bruderschaft auf den Magistrat der Stadt Hannover übergehen sollten.
Nach dem Tod des ersten lutherischen Pfarrers im Jahr 1589 wurde für dessen Nachfolger, der zugleich Pastor in Hainholz war, ein eigenes Pfarrhaus errichtet.
In der Kirche wurde ein 1568 datiertes Epitaph für Jobst von Alten installiert.
1610 wurde ein Teil des vor Ort liegenden Judenteichs ausgedeicht zwecks Anlage eines Kirchhofes. Dieser wich nach dem Dreißigjährigen Krieg dem Bau der Neustädter Hof- und Stadtkirche St. Johannis. In der Folge wurde die St. Marienkirche 1670 zur Lateinschule umgewandelt, die Neustädter Schule.
Vor dem Abbruch der ehemaligen St. Marienkirche und späteren Lateinschule im Jahr 1859 ging das Kircheninventar in anderen Besitz über:
Die 1667 von Benedict Thiersch oder Benedix Dirsch gefertigte Taufe wurde in die Kirche in Lauenau am Deister
Drei von dem Kunsthistoriker Wilhelm Mithoff beschriebene Messgewänder mit orientalischen Stoffen aus dem 14. Jahrhundert, darunter ein Chorhemd mit Vierpass und den Wappen der Geschlechter von Steinberg, von Heimburg und anderen gelangten in das Niedersächsische Landesmuseum
Das ebenfalls von Mithoff beschriebene von-Alten-Epitaph muss als verschollen gelten; es ist jedoch abgebildet in einem von Burchard Giesewell um 1830 gefertigten Ölgemälde mit einer Darstellung des Inneren der damaligen Neustädter Schule. Das Gemälde ging ebenfalls in den Besitz des damaligen Provinzialmuseums über.
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