Das FFH-Gebiet Gebiet der Oberen Eider incl. Seen ist ein NATURA 2000-Schutzgebiet in Schleswig-Holstein im Kreis Plön mit den Gemeinden Warnau, Kirchbarkau, Bothkamp, im Kreis Rendsburg-Eckernförde in den Gemeinden Bissee, Groß Buchwald, Brügge, Wattenbek, Reesdorf, Schmalstede, Techelsdorf, Grevenkrug, Böhnhusen, Blumenthal, Flintbek, Rumohr, Molfsee, Mielkendorf, Achterwehr, Rodenbek, Westensee, Schierensee, Felde und Krummwisch sowie die kreisfreie Stadt Kiel. Es liegt in der kontinentalen biogeografischen Region und in der Naturräumlichen Haupteinheit Schleswig-Holsteinisches Hügelland, in der schutzwürdigen Landschaft Eider-Moränengebiet. Das FFH-Gebiet ist ebenfalls Teil der Landschaft Westensee und Oberes Eidertal, die vom Bundesamt für Naturschutz (BfN) zu den bedeutsamen Landschaften in Deutschland gezählt wird.Es hat eine Fläche von 2502 ha. Die größte Ausdehnung liegt in Nordwestrichtung und beträgt 23,2 km. Der höchste Punkt im FFH-Gebiet liegt mit 52,1 m über NN in einem bewaldeten Endmoränengebiet, dem Grevenkruger Rücken östlich der L 318. Der niedrigste Bereich mit 7 m über NN liegt am Nordrand des FFH-Gebietes.
Das FFH-Gebiet umfasst ein durch den Lauf der Eider zusammenhängendes Gebiet vom Quellgebiet der Eider im Süden bis zum Beginn des Achterwehrer Schifffahrtskanals in Achterwehr im Norden, lediglich durch die Zufahrt zum Gut Bothkamp und den Mühlenteich in Steinfurth für wenige Meter unterbrochen.Zum FFH-Gebiet gehört ein 30,4 ha großes Areal 2,5 km nordwestlich des Nordendes des Hauptgebietes in der Gemeinde Krummwisch. Es ist ein mit Mischwald bestandenes hügeliges Endmoränengebiet mit einer höchsten Erhebung von 38,7 m über NN im Norden und einem tiefsten Bereich von 16 m über NN an seiner Südspitze. Es beinhaltet einen Ölbunker der Wehrmacht bei Jägerslust. Dessen unterirdische Gänge sind der Lebensräum mehrerer Fledermausarten.
Das FFH-Gebiet beginnt im Süden in einem Niederungsgebiet des Fließgewässers Vorfluter Warnau 700 m westlich der Wohnbebauung der Gemeinde Warnau und östlich des Fließgewässers Dosenbek im Bereich des Wasser- und Bodenverbandes Bothkamper See. Die Warnau mündet in die Dosenbek kurz vor deren Mündung in den Hochfelder See. Die Doesenbek durchfließt den Hochfelder See und mündet nach 1,2 km in den Bothkamper See. Zum FFH-Gebiet gehören neben dem Hochfelder See und dem Bothkamper See noch der benachbarte Lütjensee, dessen Ausfluss ebenfalls kurz vor dem Bothkamper See in die Dosenbek mündet. Am Südende des Bothkamper Sees befindet sich östlich der Ortschaft Bissee dessen Ablauf, der ab hier Eider genannt wird.
Von hier ab bildet die Eider mit ihren Uferauen auf 8,5 km das FFH-Gebiet bis zur Gemeinde Reesdorf bei Bordesholm. Nach der Unterquerung der Eisenbahnstrecke Neumünster–Kiel durch die Eider verbreitert sich das FFH-Gebiet entlang des Laufes der Eider Richtung Norden zwischen der Bahnlinie im Osten und der Landesstraße L 318 im Westen bis auf 1,3 km kurz vor der Ortschaft Großflintbek. Hinter Molfsee und Kleinflintbek weitet sich das Eidertal wieder auf bis zu 900 m auf der Höhe des westlich gelegenen Freilichtmuseums Molfsee. Hier gehören auch die mehrheitlich bewaldeten Steilhänge der Endmoränen westlich der Eisenbahnlinie Neumünster–Kiel zum FFH-Gebiet. Kurz vor der Unterquerung der L 318 durch die Eider mündet das Fließgewässer Würbek in die Eider. Nach weiteren 850 m mündet die Eider in den Schulensee. Im Nordwesten des Sees verlässt die Eider den Schulensee Richtung Westen und durchquert das Wohngebiet des Ortes Schulensee.
Kurz vor der Bundesautobahn A 215 weitet sich das FFH-Gebiet nach Norden in eine 29 ha große von Nord nach Süd abfallende Grünlandfläche. Es ist die Spitze einer Endmoräne. Westlich der Autobahn passiert die Eider den Nordrand der Wohnbebauung des Ortes Mielkendorf. Danach ist der Fluss bis zum Wehr der Steinfurther Mühle auf 15 m Breite aufgestaut.
Hinter dem Stauwehr verzweigt sich das FFH-Gebiet zum einen beidseitig der Hansdorfer Au nach Nordosten bis zum Hansdorfer See und seiner Umgebung, zum anderen mit der Eider nach Südwesten in den Westensee. Zum FFH-Gebiet gehört neben dem Westensee mit seiner Umgebung auch der nördlich des Westensees gelegene Ahrensee und der mit dem Westensee durch einen Durchstich verbundene westlich gelegene Bossee. Die Eider verlässt den Westensee nach Norden. Nach 2 km endet das FFH-Gebiet an der Brücke der L 48 über die Eider in Achterwehr.
Knapp ein Drittel der Fläche des FFH-Gebietes besteht aus stehenden und fließenden Gewässern, ein weiteres knappes Drittel besteht aus Mooren, Sümpfen und feuchtem Uferbewuchs der Gewässer. Das letzte Drittel teilt sich in Nadelwald, Laubwald und Grünland sowie sonstige Ackerflächen, siehe Diagramm 1.
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