Das FFH-Gebiet Windberger Niederung ist ein NATURA 2000-Schutzgebiet in Schleswig-Holstein im Kreis Dithmarschen in den Gemeinden Windbergen, Krumstedt, Wolmersdorf, Nindorf und Frestedt, wobei sich auf Nindorfer Gebiet nur ein sehr kleines Stück von 1500 Quadratmetern befindet. Das FFH-Gebiet liegt in der Landschaft Heide-Itzehoer-Geest (Landschafts-ID 68301), Diese ist wiederum Teil der Naturräumlichen Großregion 2. Ordnung Schleswig-Holsteinische Geest. Es hat eine Größe von 363 Hektar und liegt südöstlich von Meldorf zwischen den beiden Ortschaften Krumstedt im Nordosten und Windbergen im Südwesten. Seine größte Ausdehnung liegt mit 4,6 Kilometer in Nordwestrichtung. Nach der letzten Eiszeit drang die Nordsee immer wieder bis hierher vor und bildete mit den Gezeiten und Strömungen vorgelagerte Sandbänke, die sich zu Nehrungen ausbildeten, wodurch sich vom Meer abgetrennte Strandseen entwickelten. Diese verlandeten mit der Zeit und bildeten Moore. Diese wurden in den letzten zweihundert Jahren durch eine Vielzahl von Gräben trockengelegt. Im Neunzehnten Jahrhundert wurde in dem Gebiet in großem Stil Torf abgebaut, wie auf der Karte des Deutschen Reiches von 1893 zu sehen, siehe Bild 3. Damals lag nordöstlich von Windbergen der Windberger See. Auf der „Landtcarte von Dithmarschen Anno 1559“ des Johannes Mejer aus Husum aus dem Jahre 1651 ist zwischen Windbergen (Windtbergn) und Krumstedt (Krumstede) ein langgezogener See eingezeichnet, siehe Bild 1. Auf der Karte von 1652 desselben Kartographen, die den damals aktuellen Stand darstellt, ist der See schon wesentlich kleiner eingezeichnet, siehe Bild 2. Heute ist dieser See verschwunden. Das FFH-Gebiet besteht zu nahezu drei Vierteln aus Mooren und Sümpfen und zu einem Viertel aus mesophilem Grünland, siehe Diagramm 1. Die höchste Erhebung mit 5 Meter über Normalhöhennull (NHN) liegt an der Südwestspitze, der niedrigste Punkt liegt mit 0 Meter über NHN an der Süderau. Das FFH-Gebiet entwässert über die Süderau/Schafau, Miele/Süderau, Meldorfer Hafenstrom und über einen Seedurchfluss in die Meldorfer Bucht der Nordsee.