Das FFH-Gebiet Kolksee bei Schellhorn ist ein NATURA 2000-Schutzgebiet in Schleswig-Holstein im Kreis Plön im Südosten der Gemeinde Schellhorn. Es liegt im Naturraum Holsteinische Schweiz (Landschafts-ID 70208), in der Haupteinheit Ostholsteinisches Hügelland. Diese ist wiederum Teil der Naturräumlichen Großregion 2. Ordnung Schleswig-Holsteinisches Hügelland. Es hat eine Größe von 6 Hektar.
Die größte Ausdehnung des FFH-Gebietes liegt mit 525 Meter in Nordwestrichtung. Es liegt zwischen den Schellhorner Ortsteilen Tinnhof im Westen und Kreuz im Osten. Das FFH-Gebiet liegt in der Mitte des Geotops Moränenwälle südöstlich Preetz in einem langgezogenen Talkessel mit bewaldeten bis zu zwanzig Meter hohen Steilhängen. Die dortigen Grund- und Endmoränen stammen aus der letzten Eiszeit (Weichsel-Kaltzeit). Im Zentrum des FFH-Gebietes liegt der Kolksee, der nach Nordwesten seinen Abfluss in den Freudenholmer See hat. Die höchste Erhebung liegt mit 30 Meter über Normalhöhennull (NHN) am Südostrand des FFH-Gebietes und erreicht den niedrigsten Wert mit 21 Meter über NHN am Nordrand am Abfluss zum Freudenholmeer See, siehe Karte 1.
Das FFH-Gebiet besteht laut NATURA 2000-Standard-Datenbogen (SDB) vom Mai 2017 zu sieben Zehntel aus der FFH-Lebensraumklasse Binnengewässer, gefolgt von Mooren und Sümpfen, Uferbewuchs, feuchtem und mesophilem Grünland sowie Heide und Gestrüpp, siehe Diagramm 1. Dies widerspricht den im selben SDB im Kapitel 3.1 gemachten Angaben über die im Gebiet ausgewiesenen FFH-Lebensraumtypen, siehe Diagramm 2. Dort sind gut ein zehntel der FFH-Gebietsfläche als Waldmeister-Buchenwald ausgewiesen. Damit wäre diese Fläche als FFH-Lebensraumklasse Laubwald auszuweisen. Es handelt sich hier um einen historischen Wald, der bereits auf der Karte des Deutschen Reiches von 1893 verzeichnet ist, siehe Bild 1.