Ehemaliges Papierlager des Gustav-Fischer-Verlags in Jena

Das Jenaer Rosarium war eine nach Herkunft sortierte Anpflanzung von bestimmten Rosenarten zur gezielten Neuzüchtung, die der Kinderarzt und anerkannte Rosenzüchter Jussuf Ibrahim zunächst in seinem privaten Garten in der Kasernenstraße 10 (heute Rathenaustraße) in Jena-West in den 1930er Jahren anlegte. Mit der Verleihung des Titels eines Ehrenbürgers der Stadt Jena und der Ehrendoktorwürde der Pädagogischen Fakultät anlässlich seines 70. Geburtstages im Jahr 1947 schenkte Ibrahim das Rosarium dem Botanischen Garten der Friedrich-Schiller-Universität Jena und benannte es nach seiner Wirkungsstätte. In den 1960er Jahren wurde diese botanische Sammlung offenbar aufgelöst. Neben dem Rosarium von Ibrahim existierte ein weiteres auf dem Adolf-Hitler-Platz (später Karl-Marx-Platz, Petersen-Platz, heute Jenaplan), nachdem dieser neu angelegt worden war.

Das Thüringer Oberlandesgericht ist das Oberlandesgericht des Freistaats Thüringen mit Sitz in Jena und bildet die Spitze der Thüringer ordentlichen Gerichtsbarkeit. Präsidentin ist seit 2020 als erste Frau in diesem Amt Astrid Baumann.

Die Thüringer Generalstaatsanwaltschaft ist eine von vierundzwanzig Generalstaatsanwaltschaften in der Bundesrepublik Deutschland und die einzige des Landes Thüringen.

Das Amtsgericht Jena ist ein Gericht der ordentlichen Gerichtsbarkeit und eines von sieben Amtsgerichten (AG) im Bezirk des Landgerichts Gera.

Das Arbeitsgericht Jena, ein Gericht der Arbeitsgerichtsbarkeit, war eines von sechs thüringischen Arbeitsgerichten. Es wurde zum 1. Januar 2014 mit dem Arbeitsgericht Gera mit Sitz in Gera zusammengelegt. Grund war eine Änderung des Thüringer Gesetzes zur Ausführung des Arbeitsgerichtsgesetzes (ThürAGArbGG) durch das Thüringer Haushaltsbegleitgesetz 2012, durch das auch das Eisenacher mit dem Suhler und dem Erfurter Arbeitsgericht fusioniert wurde. Das Gebäude wird derzeit von der Jugendstation Jena, einer Einrichtung der Staatsanwaltschaft, Polizei und Jugendamt weiter genutzt.

Das Ernst-Haeckel-Haus in Jena ist ein Museum mit einem angeschlossenen Archiv, zum Gedenken an den Zoologen, Philosophen und Darwinisten Ernst Haeckel (1834–1919). Es ist Teil der Friedrich-Schiller-Universität Jena und befindet sich in Haeckels ehemaligem Wohnhaus an der Berggasse 7. In sieben Räumen der zweistöckigen „Villa Medusa“ sind Originalmanuskripte, Bücher, Briefe, Zeichnungen, Porträts, Fotografien und Drucke ausgestellt.

Der Bahnhof Jena West (auch als Westbahnhof bezeichnet) liegt im Westen des Jenaer Stadtzentrums am Streckenkilometer 22,59 der Weimar-Geraer Bahn (auch „Holzlandbahn“ oder Mitte-Deutschland-Verbindung genannt) zwischen Weimar, Jena-Göschwitz und Gera Hbf. Er befindet sich im Stadtteil Jena-Süd. Die Station wurde am 29. Juni 1876 zeitgleich mit der Strecke eröffnet. Der ehemalige Bahnhof III. Klasse wird von der Deutschen Bahn in die Preisklasse 3 eingestuft. Der Bahnhof trug bis zum 30. Juni 1924 den Namen Jena Weimar-Geraer Bahnhof, was im Gegensatz zum Saalbahnhof auf Antrag der Stadt Jena zur jetzigen Bezeichnung geändert wurde.

Die Volkssternwarte Urania Jena ist eine von einem gleichnamigen gemeinnützigen Verein betriebene Sternwarte in Nachfolge der Zeiss-Werkssternwarte. Sie befindet sich im Schillergäßchen im Zentrum der Stadt Jena. Der Verein betreibt eine weitere Sternwarte, die Forststernwarte, die zeitweilig der Universität Jena unterstand. Diese liegt drei Kilometer von Jena entfernt und auf einer Meereshöhe von 345 m ü. NN.

Das Phyletische Museum ist ein von Ernst Haeckel begründetes Museum zur Phylogenese in Jena. Das Phyletische Museum zählt jährlich 17.000 Besucher. Zur Dauerausstellung gehören der Evolutionssaal (u. a. Taubenrassen, AIDS, Buntbarsche, Ontogenese von Amphibien) sowie mehrere Säle zur Stammesgeschichte der mehrzelligen Tiere inklusive des Menschen. Themen von Sonderausstellungen waren u. a. Domestikation, Diatomeen – Formensinn, Die kleinere Mehrheit – Fotos von Piotr Naskrecki, Insekten & Sex und Biologische Invasionen.

Das Astrophysikalische Institut und Universitäts-Sternwarte Jena (AIU Jena) ist eine Sternwarte der Friedrich-Schiller-Universität Jena inmitten Jenas. Im Auftrag von Herzog Karl August von Sachsen-Weimar-Eisenach ließ Johann Wolfgang von Goethe eine Sternwarte im Stadtgebiet von Jena einrichten. Erster Direktor war Karl Dietrich von Münchow (1778–1836). Das erste Gebäude der Sternwarte war ein Anbau am Hause von Friedrich Schiller, der erste Bau wurde 1813 errichtet. 1889 wurde ein Neubau auf einem Nachbargrundstück errichtet. Zu den Direktoren der Sternwarte gehörten bekannte Wissenschaftler wie Ernst Abbe (1877 bis 1900), Heinrich Vogt (1929 bis 1933) und Heinrich Friedrich Siedentopf (1933 bis 1945). Seit 1962 betreibt das Astrophysikalische Institut eine Außenstelle in dem etwa 10 km westlich der Stadt gelegenen Dorf Großschwabhausen. Die im Wald auf der Hochfläche gelegene Beobachtungsstation bietet für mitteleuropäische Verhältnisse zumindest erträgliche Bedingungen für die optische Astronomie, die in der Stadt aufgrund der Lichtverschmutzung nicht mehr gegeben sind. Das größte Teleskop ist ein Spiegelteleskop mit einem Hauptspiegeldurchmesser von 90 cm, welches sich zu einer Schmidt-Kamera mit einer Apertur von 60 cm umbauen lässt. Hieran können CCD-Kameras, Glasfaser-Spektrometer und Photon-Counting-Kameras angeschlossen werden. Seit 2006 wird wieder eine allnächtliche Beobachtung betrieben.

Das Theaterhaus Jena ist das Theater der Stadt Jena.

Schiller Gartenhaus ist eine von nur zwei erhaltenen Wohnstätten Friedrich Schillers in Jena, in der er mit seiner Familie in den Sommern der Jahre 1797 bis 1799 lebte. (Die andere ist das Haus in der Zwätzengasse.) Hier entstanden einige seiner wichtigsten Werke, wie Teile von Wallenstein und Maria Stuart, sowie zahlreiche Balladen. 1799 zog Schiller mit seiner Familie nach Weimar, gab allerdings das Jenaer Gartenhaus erst 1801 endgültig auf. Das Haus befindet sich heute in Besitz der Friedrich-Schiller-Universität, die hier ein Museum und einen Diskursort mit zahlreichen Veranstaltungsformen unterhält.