Das FFH-Gebiet Wehrau und Mühlenau ist ein NATURA 2000-Schutzgebiet in Schleswig-Holstein im Kreis Rendsburg-Eckernförde in den Gemeinden Osterrönfeld, Schülldorf, Emkendorf, Rade b. Rendsburg, Schacht-Audorf, Groß Vollstedt und Warder. Es liegt vorwiegend in der Landschaft Westensee (Landschafts-ID 70210), aber im Norden bei Osterrönfeld auch in der Holsteinischen Vorgeest (Landschafts-ID 69801), die beide vom Bundesamt für Naturschutz (BfN) als Landschaft von geringer naturschutzfachlicher Bedeutung bewertet werden. Während der Oberlauf der Mühlenau der Naturräumlichen Großregion 2. Ordnung Schleswig-Holsteinisches Hügelland zuzuordnen ist, gehört die Holsteinische Vorgeest zur Schleswig-Holsteinischen Geest.
Das FFH-Gebiet erstreckt sich auf einer Länge von 15,5 Kilometer vom Beginn der Mühlenau als Abfluss des Wardersees beim Ortsteil Seehof der Gemeinde Warder im Süden bis zum Eintritt der Wehrau in den Nord-Ostsee-Kanal bei Osterrönfeld im Norden. Es hat eine Fläche von 246 Hektar. Die höchste Erhebung im FFH-Gebiet liegt mit 24 Meter über Normalhöhennull (NHN) in Seehof, der niedrigste Punkt ist der Eintritt der Wehrau in den Nord-Ostsee-Kanal bei Osterrönfeld mit 1 Meter über NHN. Das Wassereinzugsgebiet von Mühlen- und Wehrau hat eine Größe von 150 Quadratkilometern.Das FFH-Gebiet liegt auf Endmoränen des Weichsel-Komplexes mit Niedermooren über sandigen Ablagerungen. Es besteht zu gut drei Vierteln aus der Lebensraumklasse Feuchtes und mesophiles Grünland. Nur acht Prozent besteht aus Binnengewässern, der Rest sind Moor- und Sumpfgebiete, siehe Diagramm 1.
Das FFH-Gebiet befindet sich überwiegend im Privatbesitz. Daneben sind der Bund, das Land Schleswig-Holstein, die anliegenden Gemeinden, die verschiedenen Wasser- und Bodenverbände, sowie die Schleswig-Holsteinischen Landesforsten A.ö.R. Haupteigentümer.