Die Benediktuskirche ist eine katholische Kirche auf dem Domberg in Freising. Die Kirche liegt östlich des Doms und ist durch den Kreuzgang der durch den hinteren Teil der Benediktuskirche hindurchführt erreichbar. Die Kirche ist vom Kreuzgang nur durch Eisengitter (von 1716) getrennt.
Schon Otto von Freising erwähnte die Kirche in seinen Chroniken (V, 24), demnach ist sie von Bischof Korbinian erbaut worden, der dort eine Mönchsgemeinschaft ins Leben rief.
Vermutlich um 825 wurde mit der Einführung der Regula Benedicti am Domkloster Freising eine erste Kirche erbaut. Ob diese jedoch schon an der Stelle der heutigen Kirche stand, ist unklar. Ab dem 12. Jahrhundert wurde die Kirche als Ort der Grablege des ersten Freisinger Bischofs Korbinian verehrt.
Der Bau der heutigen Kirche wurde 1347 von Dompropst Otto von Maxlrain veranlasst. Zu dieser Zeit konnte sich wegen Streitigkeiten zwischen Ludwig dem Baiern und der päpstlichen Kurie in Avignon kein Bischof lange halten. Im Laufe des späten 14. und frühen 15. Jahrhunderts erhielt die Kirche eine vollständige Glasgemäldeausstattung und diese blieb bis zum 18. Jahrhundert erhalten. Von diesen Fenstern, von denen jedes von einem Domherrn gestiftet worden war, existiert heute nur noch das Hauptfenster in der östlichen Fensteröffnung des Chores. Die gotische Kirche erhielt 1716 barocke Stuckarbeiten durch Nikolaus Liechtenfurtner.
Das ehemalige Hochaltarblatt von 1665, „Vertreibung der Händler aus dem Tempel“ von Christopher Paudiß, befindet sich jetzt im Diözesanmuseum. Im nördlichen Seitenschiff Gemälde „Enthauptung Johannes d.T.“ von Andreas Wolff.
In der Kirche und dem Kreuzgang ließen sich nach den Mönchen des Domklosters auch die Weltpriester des Freisinger Domkapitels bestatten.