Die Greifswalder Boddenrandschwelle ist eine Untiefe im Übergangsbereich zwischen dem Greifswalder Bodden und der offenen Ostsee. Die Boddenrandschwelle wurde zusammen mit Teilen der Pommerschen Bucht als Fauna-Flora-Habitat (FFH) nachgemeldet.
Die Boddenrandschwelle ist der untermeerische Rest eines Endmoränenrückens. Sie stellt das morphogenetische Bindeglied zwischen den Inseln Rügen und Usedom sowie dem Ruden und der Greifswalder Oie dar. Die Oie auf dem östlichen Vorsprung der Boddenschwelle und der Ruden auf ihrem südlichen Ende sind das Ergebnis von Abtragungs- und Anlandungsprozessen.
Die durchschnittliche Wassertiefe in diesem Gebiet beträgt 1,5 bis 2,5 Meter. Zum Bodden im Westen hin nimmt die Wassertiefe nur allmählich zu, während sie zur Pommerschen Bucht im Osten in relativ kurzem Abstand mehr als 10 Meter erreicht.
Die Boddenrandschwelle nimmt eine Schlüsselposition für den Wasseraustausch zwischen Greifswalder Bodden und Ostsee ein. Sie macht den Bodden zu einem überwiegend von der Ostsee abgeschlossenen Teilwasserkörper. Ein ungehinderter Einstrom von Ostseewasser in den Bodden erfolgt nur bei Hochwasser, das im Wesentlichen durch die Windverhältnisse hervorgerufen wird.
Im Norden und Süden der Boddenrandschwelle befinden sich Untiefenrinnen. Das zwischen dem Peenemünder Haken vor der Nordspitze der Insel Usedom und dem Ruden verlaufende etwa 5 bis 6 Meter tiefe und 2,5 Kilometer lange Osttief ("Ostertief", früher auch "Altes Tief") stellt eine Fortsetzung der Peenestromrinne dar. Vor der westlichen Seite des Rudens lag das „Westtief“ („Westertief“, früher auch „Neues Tief“), das in den Kriegen der frühen Neuzeit durch Schiffsversenkungen unbrauchbar gemacht wurde und in der Folge versandete. Dafür bildete sich im 18. Jahrhundert westlich davon das Landtief südlich des Thiessower Hakens direkt vor dem Mönchgut, mitunter ebenfalls als Neues Tief bezeichnet. Es ist etwa 2,8 Kilometer lang, 60 Meter breit, 5 Meter tief und bildet neben dem Osttief heute den zweiten nördlichen Zugang zum Bodden. Beide Rinnen versandeten mehrmals in der Vergangenheit. Zur Gewährleistung der Nutzung als Seewasserstraße – das Landtief musste nach dem Zweiten Weltkrieg zeitweise für die Handelsschifffahrt gesperrt werden – müssen die Rinnen wiederholt ausgebaggert werden.
Die Boddenrandschwelle ist durch ausgedehnte ständig schwach von der Ostsee überspülte Sandbänke mit eingelagerten Riffstrukturen gekennzeichnet. Als Bestandteil der wichtigsten Überwinterungs- und Nahrungsgebiete des Ostseeraums kommen ihr entscheidende hydrografische Schutzfunktionen zu. Daher wurde sie 2007 als marines FFH-Gebiet „Greifswalder Boddenrandschwelle und Teile der Pommerschen Bucht“ gemeldet. Zu den im Gebiet vorkommenden Tierarten gehören unter anderem Kegelrobben, Seehunde, Meerneunaugen, Flussneunaugen, Finten, Lachse und Bitterlinge.
Die nordeuropäische Gasleitung durchquert die Boddenschwelle südöstlich des Landtiefs.