Das FFH-Gebiet Lundener Niederung ist ein NATURA 2000-Schutzgebiet in Schleswig-Holstein im Kreis Dithmarschen in den Gemeinden Krempel, Rehm-Flehde-Bargen, Fedderingen und Stelle-Wittenwurth. Es liegt in der Landschaft Heide-Itzehoer Geest (Landschafts-ID 69300), die vom Bundesamt für Naturschutz (BfN) als Landschaft mit geringerer naturschutzfachlicher Bedeutung bewertet wird. Diese ist wiederum Teil der Naturräumlichen Großregion 2. Ordnung Schleswig-Holsteinische Geest.
Das FFH-Gebiet Lundener Niederung hat eine Fläche von 902 Hektar. Die größte Ausdehnung liegt in Nordsüdrichtung und beträgt 6 Kilometer. Der höchste Bereich des FFH-Gebietes liegt im südlichen Drittel auf Meereshöhe. Der niedrigste Bereich liegt an der Nordgrenze am Krempeler Moorweg mit 1,5 Meter unter Normalnull (NN).
Die Lundener Niederung ist als Folge der letzten Eiszeit entstanden. Mit dem Rückzug der Eismassen von der Jütischen Halbinsel nach der vorletzten Eiszeit stieg der Meeresspiegel stark an und drang bis an den Ostrand der heutigen Lundener Niederung vor. Dort schuf es mit der Zeit eine klliffartige Küstenlinie, in Dithmarschen Klev genannt. Mit der letzten Eiszeit zog sich das Meer wieder zurück und bildete mit der Strömung und den Gezeiten Sandbänke, die sich zu Nehrungen mit dazwischen liegenden Strandseen entwickelten. Einer der letzten dieser Art ist der im FFH-Gebiet liegende Mötjensee. Die meisten Strandseen verlandeten mit der Zeit und es bildeten sich daraus Moore. Diese wurden in den letzten Jahrhunderten vom Menschen weitgehend trocken gelegt und als Grün- und Ackerland genutzt.Das FFH-Gebiet besteht zu mehr als der Hälfte aus der FFH-Lebensraumklasse „Moore, Sümpfe, Uferbewuchs“ und zu vier Zehnteln aus „Feuchtes und mesophiles Grünland“. Der Rest besteht aus „Binnengewässer (stehend und fließend)“, siehe Diagramm 1.
In der Karte des Deutschen Reiches von 1893 ist im Süden des heutigen FFH-Gebietes Lundener Niederung der Binnensee Steller See noch als offenes Gewässer verzeichnet, siehe Bild 1. Heutzutage ist der See vollständig von Röhricht bedeckt. In den Mooren wurde damals noch Torf gestochen.
Der westliche Teil des FFH-Gebietes wird über den Sielzug 01 Sielverband Sankt Annen nördlich von Sankt Annen bei Neuensiel über das Schöpfwerk Sankt Annen in die Tideeider und der östliche Teil über den Ruthenstrom und die Broklandsau beim Klever Ortsteil Westermoor über das Schöpfwerk Broklandsau in die Eider entwässert.
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