Das Kloster Margrethausen ist ein ehemaliges Franziskanerinnen-Kloster in Margrethausen, heute ein Ortsteil von Albstadt in Baden-Württemberg.
Nach chronikalischer Überlieferung wurde 1298 eine Schwesternsammlung in Margrethausen errichtet.
Das Kloster Margrethausen wurde im Jahr 1338 durch den Ortsherren Konrad von Tierberg als Franziskanerinnen-Kloster gestiftet und im Folgejahr eingerichtet. Andere Experten sehen in diesem Zusammenhang die Erbauer vom Heubelstein, die Herren von Hausen. Da die Herren von Tierberg erst um 1300 als Ortsherren von Margrethausen auftraten. Conrad von Tierberg stattete die kleine, 1339 wieder gegründete Klause mit Besitz und Gütern vor Ort aus, nahm sie in seinen Schutz und Schirm und befreite sie von allen Diensten. 1338/39, wird durch den Ortsherrn Konrad von Tierberg den Klausnerinnen ein an der Kirchmauer errichtetes Gebäude überlassen. 1339 erfolgte die Erlaubnis zum Bau eines Gangs von der Klause in den Chor der Kirche. Bald darauf konnte die Klause ihren Besitz noch mal wesentlich erweitern, indem sie von der Haiterbachlinie der Herren von Tierberg auf der Burg Meßstetten nacheinander eine Reihe von Meßstetter Hofgüter käuflich erwarben. Der Klosterbesitz umfasste fünf Meßstetter Lehenshöfe, 168 Jauchert Ackerland und 104 Mannswahd Wiesen. Damit war das Kloster bis hin zur Reformation der größte Meßstetter Grund- und Lehnsherr, besaß also mehr Areal als die reichlich ausgestattete Meßstetter Stiftskirche St Lamprecht mit den drei Altären oder die Kaplanei.Bis ins 15. Jahrhundert hinein stand das Kloster unter der Schirmherrschaft der Herren von Tierberg. Hans Konrad von Tierberg verlangte die Bestrafung der Nonnen zu Margrethausen, weil sie sich mit den aufständischen Bauern auf eine Geldzahlung geeinigt haben.Nach dem Aussterben der Familie ging die Herrschaft der „Frawen zu St. Margarethen Husen“ über diverse Familien auf die Familie derer von Stauffenberg über.
Im Dreißigjährigen Krieg wurde sowohl Dorf als auch Klosterkirche schwer zerstört. Die Pfarrei wurde aufgehoben und mit dem benachbarten Lautlingen vereinigt. Doch bereits 1707 wurde die Klosterkirche neu errichtet, 1723 erfolgte die Einweihung des Klosterneubaues, so dass das Klosterleben fortgesetzt werden konnte.
Im Laufe der Säkularisation ging die Herrschaft 1802 an Württemberg über, 1803 besetzte Napoleon das Land, 1805 erfolgte dann die Zuordnung zum württembergischen Amt Balingen. Das Kloster wurde 1811 aufgelöst, die Klostergebäude in der Folge als Schule, Lehrerwohnung und für die Ortsverwaltung genutzt. 1813 konnten die Meßstetter Lehensinhaber das Land der Klosterhöfe käuflich erwerben.
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