Der Pulverturm war Teil der im 13. Jahrhundert entstandenen mittelalterlichen Berliner Stadtmauer sowie der Befestigungsanlage Berlins im 17. Jahrhundert. In der Nähe des Spandauer Tors gab es zwei Türme, die zur Lagerung von Munition und Schießpulver dienten. Der erste Turm stand beim alten Spandauer Tor an der Einmündung der Spandauer in die Wallstraße, die spätere Neue Friedrichstraße, heute Anna-Louisa-Karsch-Straße, einen zweiten Turm gab es an der Ecke der Kloster- und Wallstraße.
Nach dem Ende des Dreißigjährigen Kriegs entstand unter dem noch jungen Kurfürsten Friedrich Wilhelm eine neue Festungsanlage jenseits der mittelalterlichen Stadtmauern, die schon bei ihrem Bau als militärisch überholt galt. Durch den Festungsbau wurde das Spandauer Tor zwischen 1660 und 1662 nach Osten verlegt und monumentaler gestaltet. Die alten Festungswerke konnten nun abgetragen werden um Platz für die Garnisonkirche und andere Bauwerke zu schaffen. Die Türme blieben aber vorerst stehen und waren eine stetige Gefährdung. Nachdem 1717 auf Befehl des preußischen Königs Friedrich Wilhelm I. von den Holländern Brauer und Van Zee die Königliche Pulverfabrik in die damaligen Jungfernheide (heute Berlin-Moabit) verlegt wurde, konnten die alten Türme abgerissen werden.
Im Sommer 1720 war man mit den Abrissarbeiten beschäftigt, aber zuvor musste der Turm vom Schießpulver geräumt werden, eine Arbeit, die vom König persönlich beaufsichtigt wurde. Wegen der Explosionsgefahr waren die Artilleristen angewiesen beim Ausräumen „keinen Tabak zu rauchen und die Arbeit nur in Filzsocken zu verrichten“, wie Oskar Schwebel in Geschichte der Stadt Berlin (Berlin 1888, S. 287) berichtet. Am 12. August 1720 kam es zu der folgenschweren Explosion
Der Stich von Johann Johann David Schleuen schildert die Explosion wie folgt:
Schwebel berichtet weiter „76 Personen verloren ihr Leben, 42 wurden mehr oder minder schwer beschädigt; der König selbst, welcher die Arbeiter zu beaufsichtigen willens gewesen, war nur dadurch dem sichern Tode entgangen, daß er sich auf der Wachtparade verspätet hatte. In der nahen Garnisonschule waren 36 Kinder getötet worden; nur eins, ein Kind von 6 Jahren, wurde nach 24 Stunden noch lebend unter den Trümmern hervorgezogen. Wie alle benachbarten Häuser, so war auch die Garnisonkirche Friedrich I. total vernichtet. .... Nach der Aufräumung der Trümmer ließ der tief erschütterte König sofort den Bau einer neuen Garnisonschule und Kirche beginnen, welche im Jahr 1722 auch glücklich vollendet wurden“ Selbst in einiger Entfernung zerbarsten sämtliche Fensterscheiben, so im königlichen Schloss und im Zeughaus.
Die 1701–1703 unter König Friedrich I. durch den Baumeister Martin Grünberg errichtete Garnisonkirche erlitt besonders schwere Beschädigungen, sodass sie abgerissen und neu gebaut werden musste. Unter Leitung von Philipp Gerlach (1679–1748) entstand eine bedeutend erweiterte Garnisonkirche, die am 31. Mai 1722 eingeweiht wurde. Zeitgleich war auch das beschädigte Spandauer Tor wiederhergestellt worden.
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