Burgrain war bis zum Reichsdeputationshauptschluss 1802 eine reichsunmittelbare Herrschaft im Heiligen Römischen Reich Deutscher Nation. Herr des Gebietes war jedoch der Bischof von Freising, das Herrschaftsgebiet stellte also eine Exklave des Hochstiftes Freising dar, die im Norden und Westen vom Herzogtum bzw. Kurfürstentum Bayern und im Osten und Süden von der ebenfalls reichsunmittelbaren Grafschaft Haag umgeben war. Der größte Ort der Herrschaft war der Markt Isen. Die Herrschaft Burgrain hatte eine Ausdehnung von zehn Kilometern von Norden nach Süden und von etwa fünf Kilometern von Westen nach Osten. In der Hauptsache umfasste es das Flussgebiet der oberen Isen, die das Territorium von Süd nach Nord durchquert.
Zu bajuwarischer Zeit war das Gebiet der Herrschaft Burgrain im oberen Isental Siedlungsgebiet des Geschlechtes der Fagana. Die erste urkundliche Erwähnung erfährt die Siedlung Isen als Hauptort der Herrschaft im Jahre 748 in einem Schenkungsbericht des dortigen Klosters Isen. Burgrain selbst findet sich zum ersten Mal in einer Urkunde des Bischofs Atto von Freising vom 24. Mai 811. Durch einen Vertrag aus dem Jahre 1025 soll Kunigunde, die Witwe von Kaiser Heinrich II., den Herrschaftsbesitz samt Kloster Isen als Fiskalgut zur lebenslangen Nutzung erhalten haben. Belege für die Legende, dass sie auch einen Teil ihres Lebens auf der Burg Burgrain verbracht haben soll, gibt es allerdings nicht.
Den Mittelpunkt der Herrschaft Burgrain bildete das um 1200 im spätromanischen Stil erbaute Schloss Burgrain. Das Schloss wurde im 16. Jahrhundert im gotischen Stil umgebaut. Hier hatte der freisingische Pfleger mit der Verwaltung der Herrschaft seinen Sitz und es fand die Rechtsprechung – incl. der Hochgerichtsbarkeit – statt. Die kleine militärische Besatzung hatte auch die Bevölkerung vor Übergriffen aus der Grafschaft Haag zu schützen, was bei häufigen Grenzstreitigkeiten keine Seltenheit war. Für das Jahr 1569 ist im Register der bayerischen Leibeigenen eine Einwohnerzahl von 99 Hofbesitzern und 496 Seelen festgehalten.
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