Das FFH-Gebiet Agger ist ein 198 ha großes Areal im Verlauf der Agger im Rheinisch-Bergischen Kreis und im Rhein-Sieg-Kreis in Nordrhein-Westfalen. Es gehört zum Natura-2000-Schutzgebietsnetz und trägt die Kennung DE-5109-302. Das Gebiet umfasst grundsätzlich einen 10 bis 15 Meter breiten Streifen im Lauf der Agger von Vilkerath bis fast zur Mündung. Erweiterungen über die Auenlandschaft bestehen an der Einmündung der Sülz und südlich von Lohmar bis zur Siegtalstrecke. Ein Teilbereich des FFH-Gebiets ist unter dem Namen „Naturschutzgebiet Agger“ (GL-073) im Bereich von Overath als Naturschutzgebiet ausgewiesen. Bei Aggerhütte grenzt es an das „Naturschutzgebiet Aggeraue“ (SU-118), weiter südlich erstreckt sich das „Naturschutzgebiet Aggeraue zwischen Lohmar und Siegburg“ (SU-092).Der Flusslauf windet sich, teils begradigt, relativ naturnah durch Grünland und ackerbaulich genutzte Flächen. Die breite Flussaue am Unterlauf weist zahlreiche naturnahe Kleinstrukturen wie Flutmulden, einen Weiher mit Uferröhrichten, Reste ehemaliger Fluss-Schlingen und Auwälder auf.
Durch das Landschaftsschutzgebiet „Aggeraue“ werden die Naturschutzgebiete Agger, Sieg, Wahner Heide und Naafbachtal verbunden.
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