Das Landschaftsschutzgebiet Auenverbund Werra wurde im Jahr 1992 ausgewiesen, um die verschiedenen Wiesen- und Ufervegetationstypen des Gewässers zu schützen und naturnahe Gewässerabschnitte zu erhalten oder sie wieder herzustellen. Es besteht aus mehreren, unterschiedlich großen Teilgebieten entlang der mittleren und unteren Werra im Landkreis Hersfeld-Rotenburg und im Werra-Meißner-Kreis im nordöstlichen Hessen.
Durch die Einleitung von Salzen über Produktionsabwässer der in Osthessen und Westthüringen im Bereich der Werra angesiedelten Kaliindustrie ist der Fluss zum längsten Fließbrackgewässer Deutschlands geworden. Trotz Verbesserungen zählt die Werra zu den Gewässern mit der schlechtesten Güteklasse in Europa. Die hohe Salzlast beeinträchtigt erheblich die Lebensgemeinschaften des Flusses, die derzeit als „artenarm ausgeprägt“ bewertet werden. Das Tal der Werra hingegen wird zu den wertvollsten Landschaften in der Region gezählt. Mehr als zwanzig Lebensraumtypen kommen hier vor, die nach dem Anhang I der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie als von gemeinschaftlichem Interesse gelten und für deren Erhaltung besondere Schutzgebiete ausgewiesen werden sollen. Wegen des Reichtums an Arten, Populationen und Lebensräumen bildet das Werratal mit dem Hohen Meißner und dem Kaufunger Wald einen „Hotspot der biologischen Vielfalt“.